Χρησιμοποιείται ως μπαχαρικό σε πολλές κουζίνες και ιδιαίτερα στη μεσογειακή. Η γεύση του είναι δυνατή και ελαφρώς καυστική. Είναι βασικό συστατικό σε ορισμένες σάλτσες, χρησιμοποιείται ως καρύκευμα ή ολόκληρα τα κλαδάκια του φυτού μπορούν να χρησιμοποιηθούν κατά την προετοιμασία του κρέατος. Αποτελεί ένα από τα βασικά συστατικά του λικέρ βενεδικτίνη.
Έχει αντισηπτικές και αντιβακτηριδιακές ιδιότητες, γι’ αυτό και έχει χρησιμοποιηθεί ως θεραπεία για την ακμή. Το έλαιο του θυμαριού είναι αποχρεμπτικό, ενώ η θυμόλη που περιέχει είναι ένα δραστικό αντιμυκητιακό. Τα διάφορα είδη του έχουν χρησιμοποιηθεί ευρέως ως τσάι, τονωτικό, αντιβηχικό και ανακουφιστικό από τον μετεωρισμό.
