Αρχαία Απολλωνία
Λίγα μόλις μέτρα βορειοδυτικά της κεντρικής παραλίας της Αγίας Πελαγίας, (κοντά στον ναό Εύρεσης), ο επισκέπτης μπορεί να δει τα υπολείμματα της αρχαίας πόλης της Απολλωνίας, η οποία καταστράφηκε από τους Κυδωνιάτες το 171 π.Χ. Η αρχαία Απολλωνία αποτελεί, σήμερα, τον σημαντικότερο αρχαιολογικό χώρο της περιοχής.
Οι πρώτες έρευνες ξεκίνησαν στο ακρωτήρι Σούδα, από τον Ιταλό αρχαιολόγο Antonio Taramelli, και οι ανασκαφές έφεραν στο φως τμήματα εγκαταστάσεων του λιμανιού, καθώς και υδατοδεξαμενές. Το ανασκαφικό έργο συνεχίστηκε και τα επόμενα χρόνια, με υπεύθυνο τον αρχαιολόγο Στυλιανό Αλεξίου. Σταδιακά, αποκαλύφθηκαν εγκαταστάσεις δημοσίων κτιρίων και ιδιωτικών κατοικιών, οι οποίες χρονολογούνται από την Ελληνιστική περίοδο. Οι εγκαταστάσεις αυτές, αναδεικνύουν την πόλη της Αρχαίας Απολλωνίας στην παραθαλάσσια περιοχή της Αγίας Πελαγίας.
Ένα από τα σημαντικότερα ευρήματα είναι, το μεγάλου μεγέθους, κτιριακό συγκρότημα, το οποίο ταυτίστηκε με το Πρυτανείο-Ανδρείο. Συγκεκριμένα, πρόκειται για ορθογώνιο κτίριο, διαστάσεων 15 x 6.30 μέτρων. Η κατασκευή του είναι αρκετά προσεγμένη, όπως μαρτυρούν οι λαξευτοί ογκόλιθοι από πωρόλιθο, τα επίχριστα με κονίαμα δάπεδα, και οι επίχριστοι εσωτερικά τοίχοι με διακόσμηση κόκκινων, λευκών και κίτρινων ζωνών. Το Πρυτανείο, αποτελούσε το κέντρο της διοικητικής και πολιτικής ζωής της κάθε πόλης-κράτους. Στους χώρους του λάμβαναν χώρα οι συσκέψεις των αρχόντων και των εκπροσώπων της πόλης. Η σημαντικότερη αρχή στην πόλη-κράτος της Κρήτης ήταν το συμβούλιο των κόσμων, των ετησίων, δηλαδή εκπροσώπων, αρχόντων του γένους. Συνήθως, το Πρυτανείο ήταν υπεύθυνο για την εκτέλεση αποφάσεων της Βουλής και την απονομή της δικαιοσύνης. Το κτίριο, λειτουργούσε και ως Ανδρείο, ήταν δηλαδή ο χώρος όπου παρέχονταν τα συσσίτια, και αυτό φαίνεται από τις δύο τετράπλευρες εστίες που εντοπίστηκαν. Οι εστίες βρέθηκαν γεμάτες με στρώσεις λεπτής τέφρας, ενώ κοντά στην μία βρέθηκε τοποθετημένο μέσα στο επίχριστο δάπεδο, (με τα χείλη προς τα κάτω), ο λαιμός και το στόμιο πίθου.
Δυτικά του Πρυτανείου-Ανδρείου βρέθηκε κτίριο, το οποίο πιθανολογείται ότι ήταν το κοιμητήριο της αρχαίας πόλης. Πρόκειται για κτίριο με σχετικά προσεγμένη κατασκευή και με είσοδο στην βόρεια πλευρά. Τα δύο κτίρια χωρίζονται από μία στενωπό και μία κλίμακα 16 βαθμίδων από πλάκες σχιστόλιθου, που, ίσως, οδηγούσε στην είσοδο του κοιμητηρίου.
Άλλα ίχνη της αρχαίας πόλης έχουν βρεθεί τριγύρω, ενώ τμήματα αυτής είναι βυθισμένα στον όρμο. Μάλιστα, ο επισκέπτης μπορεί να διακρίνει υπολείμματα τοίχων οικιών, καθώς και άφθονα όστρακα. Τέλος, πολλά από τα ευρήματα των ανασκαφών φυλάσσονται, σήμερα, στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου.